Este es un problema recurrente y sin solución sencilla en Internet, pero he encontrado que es mucho más simple de lo que todos intentan. Solo hay que ir a opciones de Teclado, y cambiar el teclado (Español/Latinoamericano) normal, por el que dice "Teclado con tilde muerta". De esta forma, permite usar ~ con ã, õ, ñ, etc, y para insertar la tilde, solo se debe presionar dos veces el símbolo ~.

Esta opción también viene para ser elegida cuando se instala Ubuntu por primera vez en una PC. Espero esto sirva también a gente que busque la solución en un futuro como lo hice yo hoy