Excelente, muy bien 10, felicitado !!

Vamos por buen camino y con conexion de datos incluida. Asi que avancemos.

Iniciada la "HAL9002" con el pendrive, hay que abrir una consola/terminal para realizar todo lo que voy a mencionar a continuacion.

Identificacion de la particion / (root) en el disco rigido
Ingresar
Code:
sudo fdisk -l
y verificar, tal vez por el tamaño, tal vez por su etiqueta, cual es la particion marcada para alojar el SO y que se monta como / en el disco rigido (que considerando que ahora la maquina vera dos discos habra que determinar cual es el rigido y cual el pendrive. Esto generalmente se logra leyendo la descripcion del dispositivo y se termina verificando por el tamaño total del mismo).
Ejemplo
[guille@tfspc ~]$ sudo fdisk -l

Disk /dev/sda: 200.0 GB, 200049647616 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 24321 cylinders, total 390721968 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x000095fa

Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 * 63 208844 104391 83 Linux
/dev/sda2 208845 10458314 5124735 82 Linux swap / Solaris
/dev/sda3 10458315 51424064 20482875 83 Linux
/dev/sda4 51424065 390716864 169646400 83 Linux

Disk /dev/sdb: 15.6 GB, 15606349824 bytes
116 heads, 52 sectors/track, 5053 cylinders, total 30481152 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0xc3072e18

Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sdb1 * 8064 30481151 15236544 c W95 FAT32 (LBA)
[guille@tfspc ~]$
En este ejemplo el pendrive figura como /dev/sdb porque la maquina se inicio desde el disco rigido (/dev/sda).
En /dev/sda vemos una particion /dev/sda3 que es la que aloja al SO y se monta en / (esto lo se porque recuerdo que particione primero con una para /boot, la segunda es /swap, luego / y por ultimo /home). Ademas, el tamaño de /dev/sda3 es lo que acostumbro a reservar para el SO.

Dado que ademas tenes Windows en esa maquina, sugiero que muestres la lista de particiones para ayudarte a determinar cual es la que corresponde usar para este procedimiento de recuperacion.